Гипоталамус эндокрин системасининг энг олий марказидир. У ички аъзоларнинг ишини мувофиылаштиради ва аъзоларнинг ишини нерв ва эндокрин система оркали бажарилишини таъминлайди. Нерв системаси ва эндокрин системанинг материал асоси гипоталамусдаги нейросекретор хужайралар хисобланади.