Molekular markerlar hozirgi zamon genetikasida muhim o'rin tutadi. Ular yordamida inson hamda o'simlik va hayvonlarning o'nlab turlari genomining batafsil molekular xaritalari tuzilgan. Xaritalarga organizmning o'sishi va rivojlanishi, morfologik belgilari, kasalliklarga chidamlilik va boshqa xususiyatlarga javob beradigan genlar belgilangan. Molekular markerlardan populyatsion genetika, solishtirma genetika va genomika, filogenetik tadqiqotlarda keng foydalaniladi. Molekular markerlar tufayli tibbiy diagnostika imkoniyatlari kengaymoqda, hayvonlar zotlari va o'simliklar navlarini pasportlashtirishning yangi yanada aniqroq usullari paydo bo'lmoqda. Molekular markerlardan foydalanish seleksiya jarayonini sezilarli darajada tezlashtirish imkonini beradi.