Ilmiy tadqiqotda muammoli vaziyatni aniqlash muhimdir. Ilmiy muammo tadqiqotning maqsadi va yo'nalishini belgilaydi. Muammoli vaziyatlar turli omillar tufayli paydo bo'lishi mumkin. Bu omillarga noto'g'ri rejalashtirish, resurslarning yetishmasligi, muloqotdagi kamchiliklar, nomuvofiqliklar va boshqalar kiradi. Muammolarni bartaraf etish uchun ularning kelib chiqish sabablarini chuqur tahlil qilish muhim.