Взаимодействие аллельных генов относится к тому, как различные аллели (варианты одного и того же гена) могут взаимодействовать друг с другом, влияя на фенотип организма. Существуют несколько типов взаимодействий между аллелями, включая доминирование и рецессивные аллели. Доминирование проявляется, когда один аллель доминирует над другим, подавляя проявление рецессивного аллеля. Приведен пример взаимодействия аллельных генов у человека, определяющего цвет глаз.