Ilmiy tadqiqot metodologiyasining tarixi uzoq davrlarga borib taqaladi. Miloddan avvalgi yunon faylasuflari, masalan, Aristotel, tabiat va jamiyatni tushunishga yordam beradigan ilmiy amaliyot asoslarini rivojlantirdilar. XIV asrda Roger Beker induktiv metodni targ'ib qildi. XVII asrda Francis Bacon va Rene Dekart ilmiy metodologiyani tizimlashtirishda muhim rol o'ynadilar. XX asrda Karl Popper, Tomas Kuhn va boshqa faylasuflar ilmiy metodni o'zgartirishda va falsafiy yondashuvlar qo'shishda hissa qo'shdilar