O'zaro ta'sir xromatografiyasi, masalan, afinit xromatografiyasi, ma'lum bir ligandiga yuqori selektivlik bilan bog'lanadigan molekulalarni ajratishda samarali bo'lib, 99% dan yuqori tozalik darajasiga erishish mumkin. O'zaro ta'sir xromatografiyasi, biomolekulalarni, jumladan, oqsillarni va fermentlarni, turli xil afinit tagliklari yordamida ajratish va tozalashda keng qo'llaniladi, natijada 5 dan 10 mg gacha toza mahsulot olinadi.