16-asrning oʻrtalaridan Yaponiyaga kirib kelgan yevropalik missionerlar xristianlikni tarqata boshladilar. 1603-yil Ieyasu Tokugava (1542—1616) syogun deb eʼlon qilindi va uning qarorgohi Edo (hoz. Tokio)ga koʻchirildi. Tokugava syogunlari sulosasi mamlakatni 1867-yilgacha boshqardi. Ularning hukmronligi davrida Yaponiya markazlashgan monarxiya davlatiga aylandi. Hukumat qatʼiy qoidalar bilan 4 tabaqa tizimi (samuray, dehqon, hunarmand va savdogarlar)ni oʻrnatdi. Tokugava hukumatining yevropaliklar ekspansiyasi va xristianlik xalq harakatining mafkurasiga aylanayotganligiga qarshi qator tadbirlarni koʻrishi natijasida Yaponiya qariyb 2,5 asr mobaynida "yopiq" davlatga aylandi.