Elektron mikroskopiyasi uchun bo'yash oksidlar, masalan, osmiy tetroksidi kabi metall tuzlari, elektron zichligini oshirish orqali ultrastruktura tafsilotlarini yaxshilash uchun qo'llaniladi. Negativ bo'yash usulida fosfovolfram kislotasi yoki uranil asetat kabi elektron zich bo'yoqlar ishlatilib, hujayra tarkibiy qismlarini aniqroq tasvirlashga va ularning o'lchamlarini 10-100 nm aniqlikda o'lchashga yordam beradi.