Muhammad Shayboniy xon o'zdavlatini mustahkamlab o'lgach, mamlakatning iqtisodiy hayotini yaxshilashga, uni ichidan mustahkamlashga qaratilgan birqator islohotlarni o'tkazdi. Dehqonchilikning rivojlanishi, gayri damberuvchi yerlarga qaratilgan yerto'g'risi, vaqf masalalari bo'yicha birqator chora-tadbirlarni amalga oshirdi. O'zaro taxttalash ishlari natijasida tinch joylarni izlab, o'z yerlarini tashlab ketgan kishilarning qarovsiz yerlarini masjidlar, madrasalar vaqf mulk sifatiida berdi. 1502-yilda Zarafshon vohasida qaqrab vaqarovsiz yotgan yerlarda dehqonchilikni rivojlantirish maqsadida Ko'hak (Zarafshon) daryosi ga suv-ayirgich va ko'prik qurdiradi. Mamlakatning ichki birligini mustahkamlash uchun 1507-yilda barcha hududiy hukmdorlar zarb qilayotgan pullarni bekor qilib, pul islohotini amalga oshiradi. Buesa savdo-sotiqning rivojlanishiga, mamlakat siyosiy-iqtisodiy mavqeyining o'shishiga yordam beradi.