O’zbekiston mustaqil Respublika deb e’lon qilingandan keyin mamlakatda Prezident I.A.Karimov rahbarligida amalga oshirilgan xayrli ishlardan biri chor va sovet mustamlakachiligi yillarida begunoh qurbon bo’lgan, o’tgan asrning 30-50-yillarida “xalq dushmani” sifatida qatag’on etilgan va shu sababli nomlari o’zbek xalqi hamda madaniyati tarixidan o’chirib yuborilgan siymolar xotirasini abadiylashtirish orqali tarixiy adolatni tiklash bo’ldi. Respublika Prezidentining 1999-yil 12-mayda imzo chekkan Farmoyishiga ko’ra, Mustamlakachilik davri qurbonlari xotirasini abadiylashtirish komissiyasi tuzildi. Shu yili iyul oyida hukumat qarori asosida “Shahidlar xotirasi” xayriya jamg’armasi tashkil etildi. Natijada bo’lg’usi muzeyning ko’rgazma vositalarini shakllantirish boshlandi. Muzeyning qayta ta’mirlangan va kengaytirilgan binosi qo’sh gumbazli ekspozitsiya uchun mo’ljallangan 3 ta zaldan iborat inshoot bo’lib, atrofini o’yma naqshinkor ayvon o’rab turadi.